1999년도 지나 새 세기를 맞이하는 2000년도.
사신신사의 예언대로 인베이더는 더욱 교묘하게
인간 사이로 숨어들어 그 정체를 감춘다.
하지만 꿋꿋이 싸워나가는 이지스 네트워크
그리고 게이트 키퍼즈. 과연 게이트는
희망인것인가 절망인 것인가.